La Secretaría es la división encargada de auxiliar y coordinar el manejo de la información y documentos sometidos y generados en los procedimientos ante la Junta. Asimismo, es la división encargada de recopilar, mantener al día las estadísticas correspondientes al procesamiento de los casos y de certificar la oficialidad de los documentos emitidos por la Junta y el Presidente.
Los cargos, peticiones y solicitudes que someten las partes promoventes en los procedimientos bajo la ley, se someten en Secretaría y se refieren a la División de Investigaciones para el procedimiento investigativo correspondiente.
La Secretaría es responsable de certificar y notificar todos los documentos oficiales que emite la Junta y el Presidente en el trámite formal de los casos, de coordinar la presentación de documentos, mociones y recursos ante los tribunales y agencias administrativas en casos en que comparece la Junta. Como depositario de la documentación oficial de la Junta coordina el manejo y archivo de los expedientes, prepara y custodia las actas de las reuniones que conduce la Junta en pleno, prepara y notifica los avisos de audiencia. Además, coordina el procesamiento, franqueo, recibo, envío y distribución de la correspondencia externa e interna de la Junta.